单车路事件后，小智一行人又认识了一名模仿少女伊美蒂和她的百变怪，但她的百变怪变身后仍是豆豆眼，但在“好心人”火箭队的帮助下成功完成完美变身。
路过一处雪山时，小智因为暴风雪与小霞小刚两人走散。
但在山洞中，小智与宝可梦们建立了深厚的羁绊。
翻过雪山后，小智等人来到了皮卡丘森林，森林中住着许多野生的皮卡丘与皮丘。
小智的皮卡丘与伊布和他们友好的玩耍了一天后，又遇到了一只住在树洞下伊布。
三人来到石头镇后才知道是因为伊布的主人不想伊布进化，所有把它养在外面。
小霞的伊布也在这次事件后，成功进化为水精灵。
小刚的伊布也在这次事件中非常喜欢雷精灵的样子，正当小智打算将极品雷之石递给小刚时，小智的伊布不小心碰到了。
这枚进化石的能量竟然被搭档伊布给吸收，这才让小智明白了新的提升实力的方法。
伊布也因为吸收了雷之石的能量成功突破到准天王级，小智也没急着让他吸收其他进化石的能量，毕竟一枚极品雷之石的能量就够他沉淀一段时间了。
小智又遇到一个养了至少七只卡比兽的老爷爷，小智也拥有宝可梦之笛，因此向他学习了怎么让卡比兽苏醒的宝可梦笛曲。
告别老爷爷和大胃王卡比兽，小智三人来到了黑暗市。
当地因两家道馆争夺联盟正式道馆的席位而鸡犬不宁，小智让皮卡丘好好教育了他们一顿，最后建议他们合并成立一个双打道馆，小智也成为了黑暗道馆的第一个徽章获得者。
【叮，恭喜宿主获得黑色徽章。】
【奖励1000积分，初级神奇糖果五颗。】
告别黑暗市后，小智三人又旅行到一个正在举办嘉年华的小镇，遇到一个猥琐的胖子，企图用催眠控制小智，最后被小智好好揍了一顿。
猥琐胖子的蛋蛋突然进化成椰蛋树，并且催眠了一大群椰蛋树，小智及时出手，让火恐龙一发喷射火焰收下全部经验。
火恐龙也因为这一大波经验成功进化成了喷火龙，成为小智御三家中第一只最终进化的神奇宝贝。
但是喷火龙并没有不听小智的命令，也许是小智的训练家等级已经很高的原因。
解决椰蛋树军团后，小智三人继续旅行遇到一个用中药治病的漂亮小姐姐清美。
清美想要让自已的派拉斯进化成派拉斯特，小智三人打算帮助她，但无论上哪只宝可梦都能轻松获胜。
好在“好心人”火箭队再次帮忙，成功让派拉斯进化，喵喵也差点留了下来，最后还是再一次输给了猫老大。
“干巴得，喵喵，下次一定不会再输给猫老大。”
告别清美后，小智三人来到了号称“不夜城”的霓虹镇，小镇因为日夜颠倒导致居民的脾气非常糟糕，连君莎小姐都非常暴躁。
但在这里，小智三人遇到了初代粉色恶魔——胖丁，在小智的沟通下才知道这只胖丁竟然不会唱歌。
小刚找到了对嗓子有好处的水果帮助胖丁解决了嗓子问题，胖丁又重新可以唱歌了。
对于能够将阿罗拉的真神兽——卡噗熊熊催眠的粉色恶魔来说，一唱歌就是团灭，幸好小智提前用波导封住了听觉，不然也得和靠在自已身上睡着的小霞一样。
小智轻轻捏了捏小霞的脸蛋后，对着胖丁说：“胖丁，要不要成为我的伙伴，我带你去各个地区唱歌。”
“丁，布丁。”
发现只有小智完整地听完她的歌声，胖丁高兴极了，然后同意成为了小智的宝可梦。
【精灵：胖丁】
【性别：雌】
【等级：32级（道馆级）】
【特性：迷人之躯】
【资质：不详】
【携带物：不变之石】
【绝招：唱歌、连环巴掌、撒娇、定身法、模仿..】
“竟然又是一只资质不详的宝可梦，粉色恶魔，名不虚传呐。”
“有胖丁在，一唱歌就能催眠所有人，简直就是团灭发动机。”
小霞醒来后，发现胖丁不见了，连忙问道：“胖丁呢？”
“已经被我收服了。”
“啊，人家也很喜欢胖丁的。”
在精灵球内听到小霞话后，胖丁自已跑了出来，然后跳进小霞怀里撒娇。
“我会补偿你的，下次有可爱的宝可梦我一定帮你收服。”
“约定好了。”
在火箭队的帮助下，胖丁给整个霓虹镇的居民唱了一首歌，毫无意外地，除了小智以外的所有人都睡着了。
若不是她已经是小智的宝可梦了，这个小镇怕是难逃原剧情中的被“涂城”的命运。
因为胖丁的歌声可以让人内心安定祥和，睡了个好觉的霓虹镇居民的心情美美哒，脾气也好了不少，就连之前撞到小智的男子也主动向小智道歉。
这段旅行小智不断交换培养队伍宝可梦，除了皮卡丘、伊布、沙奈朵和迷你龙没有回过大木研究所，就连凯西都回过大木研究所。
小霞与小刚也不断更换手中的宝可梦交替培养，小霞的宝可梦等级也比原时空高很多。
有神奇糖果、常磐之力辅助，再加上日常与小刚、小霞对战训练，因此小智的宝可梦们才能提升这么快。
小霞这次旅行的收获也非常恐怖，冠军资质的闪光美纳斯、资质不详的可达鸭（鸭神）、天王资质的杰尼龟、天王资质的水伊布、准天王资质的墨海马、准冠军资质的拉普拉斯，阵容已经非常恐怖了，再加上未来的mega暴鲤龙。
真新镇新人训练家：“抱歉，我已经放弃训练家梦想了。”
未来的关东新人训练家怎么敢去挑战八大道馆？
mega大钢蛇的尼比道馆、mega暴鲤龙的华蓝道馆、超能力者娜姿的金黄道馆、毒系天王阿桔的浅红道馆、曾经火系天王夏伯的深红道馆、幽灵系天王菊子的常磐道馆。
马志士、莉佳：“抱歉，我给八大道馆丢人了。”
好像阿桔成为四天王后，道馆就交给了妹妹，难度应该能会少一点吧，应该吧...
告别了霓虹镇，收服粉色恶魔的小智一行人来到了大傻谷。
小智等人看到了浩浩荡荡的人群，他们背着铁镐与各种装备进入了大傻谷。
“竟然有这么多人？大傻谷有什么好东西吗？”
“你连这种事都不知道吗？”背着铁镐，全身西部牛仔打扮的小茂出现在疑惑的三人面前。
“小..小茂，你怎么会这般打扮？”
“因为这个地方发现了已经绝种的宝可梦化石，所有兴起一股寻找宝可梦化石的热潮。”
“小茂加油，小茂加油，小茂小茂一级棒。”
小茂的女朋友啦啦队适时出来给小茂加油欢呼，让一旁的小刚羡慕的口水都流出来了。
“谢谢各位，我众多的女朋友们。不行，不能和你多废话了，我要先去挖化石了。”
