小智四人打算离开红莲岛，但在赶轮船的时候被一只慌忙的卡咪龟撞倒在地。
小刚扶起被撞晕的卡咪龟，小霞向它道歉道：“没事吧，对不起哦。”
小刚：“真是难得一见，这是野生卡咪龟吗？”
卡咪龟慌慌张张的似乎要表达些什么，但是因为表达太混乱了，小智也无法理解。
“出来吧，卡咪龟。”X2
小智与小霞两人同时丢出卡咪龟的精灵球，企图让他们进行沟通。
“那个是杰尼龟军团的太阳镜！”
小刚：“它还带着啊！”
叶子：“杰尼龟军团？”
小霞：“就是一群被训练家抛弃的杰尼龟们，我和小智的卡咪龟就是从中收服的，小智的那只就是杰尼龟军团的老大。”
小智的卡咪龟从龟壳里拿出一个墨镜带上，然后与那只卡咪龟对视一眼便向海中游去。
“喂，卡咪龟。”X2
小刚：“我认为应该有事件发生。”
“好，我们也跟过去吧。”
“好~”X3
三只卡咪龟在前面游，后面是暴鲤龙与美纳斯拉着借来的小船，小智四人与皮卡丘、伊布还有波克比坐在船上。
“他们到底打算去哪里？”
小刚：“你看，可以看见小岛了。”
小霞：“那是什么岛啊？”
小刚：“地图上并没标注。”
叶子：“我闻到了冒险的味道。”
“那就继续前进吧，Go！”
与此同时，火箭队驾驶着暴鲤龙潜水艇缓缓地跟在后面。
四人抵达小岛后，发现一只巨大的水箭龟躺在一块巨大的石头上，看起来很没精神的样子。
一群卡咪龟与杰尼龟们非常关心的围在它的身旁，还有杰尼龟们找来了各种各样的树果。
见卡咪龟回来，还带着另外两只卡咪龟与人类，众多杰尼龟与卡咪龟们仿佛找到了救星。
杰尼杰尼，卡咩卡咩叫个不停，小智的卡咪龟实在忍受不了他们的聒噪，便对每人都使用了水枪，让他们冷静了下来。
小智的卡咪龟站上高台，一番演讲后，众多杰尼龟与卡咪龟们都一副以他为首的样子。
然后卡咪龟们给小智一行人表达了事件的经过：这个岛本来是龟宝可梦的圣地，以众龟之王水箭龟为中心过着太平的日子，但是几天之前水箭龟到海上去游泳以后，过了很久才回来，但是回来后一副非常没有精神的样子。
众多杰尼龟与卡咪龟们都没办法让水箭龟重新打起精神来，因此卡咪龟出去找人救援，遇见了我们。
“是这样没错吧？”
“杰尼杰尼~” “卡咩卡咩~”
杰尼龟与卡咪龟们认同的点点头。
小霞：“听说杰尼龟的栖息地还没有确定，不知道是不是就是这座岛。”
叶子：“这座岛的外形就像一只巨大的乌龟，说不定真的就是杰尼龟们的栖息地。”
小智：“也许我们的杰尼龟都是从这个岛出去的杰尼龟诞下的后代，就像快龙岛一样。”
小刚：“在了解宝可梦的生态方面，我的兴趣是无止境的，好，让我来进行健康诊断。”
小刚对着巨大水箭龟，左瞧瞧右看看，终于让他找到了原因。
“经过我的诊断，水箭龟应该是先和别的宝可梦战斗过，然后又中了宝可梦的毒。它的身上不仅有伤痕，还有明显的中毒迹象。”
小智上前用波导之力与巨大水箭龟沟通：“让我来帮你治疗吧。”
小智运用常磐之力，用全力为水箭龟治疗，但水箭龟的伤势太重了，小智累得气喘吁吁都没有完全治疗好。
小刚：“好了，小智，水箭龟已经恢复部分元气了，接下来就让我来帮它配药吧。”
叶子给气喘吁吁的小智递了杯水，“你刚才那是常磐之力吗？好呀，你连我都瞒着，我生气了。”
“没有，只是没来得及跟你说嘛。”
小霞见两人这样，也忍不住上去插话：“小智可是非常厉害呢！”
卡咪龟与杰尼龟们发现水箭龟恢复的差不多了，便去准备树果，打算好好招待这几位客人。
皮卡丘、伊布、波克比、还有三只卡咪龟便在岛上开始嬉戏玩闹了起来。
小刚：“好了，我的药做好了，快点喝下吧。”
小刚把配好的药递给水箭龟，水箭龟喝下后脸色明显变好了。
突然，几张大网从天而降，将水箭龟与小刚、众多卡咪龟与杰尼龟、还有小智、叶子还有小霞给困住了。
和小智挨得这么近，叶子有些不好意思，羞恼道：“到底是怎么回事？”
“既然你诚心诚意的发问了”
“我们就大发慈悲的告诉你”
......
“就是这样。”
武藏：“哈哈，这次把你们一网打尽了。”
“才没有，明明是好几张网。”
火箭队三人无语，没想到小智这个时候还有心情跟他们说笑。
小次郎：“大丰收，大丰收，无数的杰尼龟们，再加一大堆水果以及皮卡丘与伊布。”
“火箭队，你们不会以为自已能赢吧？”
喵喵：“哈哈，我们这次可是特制的防电网，皮卡丘的电击是没用的。”
“出来吧，喷火龙，使用喷射火焰。”
防电网防电但是不防火啊，这三个笨蛋到底在想什么啊？
喷火龙的喷射火焰成功解开了所有的网，但火箭队这次的装备竟然格外厉害，暴鲤龙机器人竟然变身了。
“回应我们的羁绊吧，喷火龙mega进化。”
面对火箭队的强大装备，小智不得不让喷火龙再次mega进化成mega喷火龙Y形态。
武藏：“喷火龙再次进化了？”
小次郎：“这到底是怎么回事？”
喵喵：“它身上的气势更加恐怖了喵。”
这还是小智第一次在火箭队面前进行mega进化，火箭队三人组也是大吃一惊。
但火箭队这次的机器真的厉害，就是超进化了，喷火龙的喷射火焰都没办法打破。
这时，巨大水箭龟站了出来。
“水箭龟，你也要战斗吗？”
“卡美卡美，”水箭龟竟然自主进化成了超级水箭龟的样子。
“水箭龟竟然也再次进化了？”
武藏：“哼哼，别以为多一只水箭龟就可以赢。”
小次郎：“这次的机器可是花了我们所有的积蓄。”
喵喵：“这一次注定是我们的大胜，看我的攻击喵。”
随着喵喵按下一个红色按钮，无数的飞弹从暴鲤龙机器中飞出。
小智的卡咪龟看着慌乱的杰尼龟与卡咪龟们，一番讲演后，众多龟龟们都平静了下来，一起用水枪阻挡。
但还是有些飞弹没有被挡下，那只报信的卡咪龟就要被打中时，叶子奋不顾身地将它扑倒在地。
卡咪龟看着叶子，内心非常感动。
“叶子，你没事吧？可恶，喷火龙、水箭龟交替使用喷射火焰与急冻光线。”
两只宝可梦不停交替使用冰与火的绝招，火箭队三人组仗着机器厉害肆无忌惮的让它们攻击。
“好，卡咪龟在使用一次水炮，接下来使用急冻光线，喷火龙在急冻光线结束后使用燃烧殆尽。”
机器不断被急热与急寒交替，最终发生了剧烈的爆炸将火箭队三人组送上了天。
为了答谢小智一行人，水箭龟给了小智与小霞各一枚水箭龟超进化石，而叶子也收服了一只卡咪龟，小刚则被赠送了不少美味的树果。
见叶子也收服了一只卡咪龟，它同样大方的给了叶子一颗水箭龟的mega石，但是它并没有进化钥石。
“为什么它会有这么多水箭龟的mega石？难道这里真的是杰尼龟一族最初的栖息地？”
水箭龟带着小智与其卡咪龟来到一个洞窟，水箭龟拿出一颗汇聚庞大水系能量的水滴状晶体递给卡咪龟，然后拍拍它的肩膀，仿佛在说：“小伙子，我很中意你。”
这颗水滴状晶体直接融入卡咪龟的身体，卡咪龟再也无法压抑进化了，将不变石还给小智后，随着一道进化之光出现后，一只水箭龟出现在小智面前。
水箭龟的实力直接一跃到道馆后期，而且体内还有大量能量，恐怕这颗水滴与王者妙蛙花赠予小智的妙蛙花的奇迹种子一样。
“这只王者水箭龟应该也看中了自已水箭龟的领导能力，打算让它变强后接他的班，保护这里的龟龟们。”
“再见啦！”X4
收获满满的小智一行人离开了水箭龟之岛，然后朝着常磐市继续旅行。
